La oración completa dice:
Las Becas se asignarán de acuerdo a los criterios establecidos en el Reglamento General, teniendo en cuenta la equidad de género y el equilibrio regional.
Esto no significa que vayan a evaluar (ni a excluir) postulantes por su género. En ningún momento dice eso.
Lo interpreto como que van a tratar ("teniendo en cuenta") de que el género de los seleccionados sea 50/50, y no 70/30 o 90/10, sino algo más equitativo.
Con lo de equilibrio regional también creo que se refieren a que los seleccionados no sean todos de una misma zona, sino que sea algo equitativo con gente de diferentes zonas para que puedan acceder todos por igual.