Teu segundo link é sobre um curso de verão. Quanto ao primeiro, parece mais tarifa por outros itens que não o ensino. A própria universidade da tua primeira referência escreve isso aqui:

In Germany, students don’t have to pay tuition fees for most programs. Education is seen as a public good—a human right accessible to everyone. And international students are seen as a vital part of the German higher education system. There are tuition fees for summer programs and some of our English-taught Master programs, so you should check the individual course for details.

While there is no tuition for standard programs, all students are required to pay a fee of €114,50 for student services (€52) and the basic “semester ticket” (€62,50) entitling students to travel within the Munich “MVV” regional transport network in the evenings and weekends. (You can also get a top-up card called IsarCard Semester 24/7 for €146.50 per semester that gives you unlimited travel.)

Tu vai falar ali que há cobrança para alguns cursos (e provavelmente isso é permitido pela legislação alemã), mas pelo visto é mais excessão do que regra.