Das Strafe besteht darin, dass ihm seine jegliche Zeit entzogen wird.

"Seine" (his) and "jegliche" (all) are both used like an article in this context, you can only have one of the two. If you want to say "all his time" it would be "all seine Zeit" or "seine ganze/gesamte Zeit". You could also just use "seine Zeit" or "jegliche Zeit".

Die anderen Agenten nehmen seine Aktentasche und Zigare weg.

Zigarre. The sentence is grammatically correct. It feels more natural to say "nehmen IHM seine ... weg" though because the verb is "jmd etw wegnehmen", so the dative object is missing for the native reader.

Nach ihm ist nur ein paar Aschenflöckchen im Wind übrig.

Von ihm...> Same in English "something is left OF someone". The verb has to be plural though, because Ascheflöckchen is the subject of the main clause and is plural. So "sind" instead of "ist" would be correct.

Er hat ganz verschwunden.

The auxiliary verb for verschwinden is sein > Er ist ganz verschwunden.