No soy experto en el tema, pero asi lo entiendo yo
La hora antes para retirarse a amamantar es un beneficio entregado por la ley, que busca el bienestar del hijo.
El beneficio de irse antes para la casa es una cosa interna de la empresa, piensalo como un regalo buena onda de parte del empleador. No es una obligacion impuesta por la ley.
No veo que estos beneficios sean acumulables, si normalemente todos los trabajadores salen (por ejemplo) a las 18:00, ella tiene el derecho de irse a las 17:00 excepto el dia del cumpleaños que la empresa deja salir a los festejados a las 13:00. en ese caso ella debera irse para la casa a las 13:00...me parece hasta patudo creer que no es asi.
de todas maneras ante duda laborales la mejor opción siempre es, leer bien el contrato y preguntar en la inspeccion del trabajo.