Estados e municípios não vivem em bolhas sem se relacionar com outros entes

De fato, a tabela do OP mostra isso: Uns produzem mais e são punidos por isso.

O Itaú por exemplo tem sede em SP, toda a movimentação que o Itaú faz no Brasil inteiro passa por SP e assim bilhões de reais são movimentados através de SP mesmo que o dinheiro seja para o cara do Maranhão pagar o saco de milho que comprou no Ceará, para todos os efeitos a movimentação ocorreu em SP e por isso o Itaú paga parte dos impostos que deve do lucro nessa movimentação em SP

Se o cara comprou o milho produzido no Ceará o Ceará cobrou os seus impostos sob a produção do mesmo. Se ele vai usar o milho no Maranhão o Maranhão vai cobrar os impostos sob isso. O Itaú é de SP e são cobrados os impostos de SP. Parece justo para mim.

Outro exemplo pega Osasco por exemplo, um monte de empresas tem suas sedes em Osasco, do Bradesco ao Walmart o que torna a cidade a 12ª mais importante cidade do Brasil, mas você acha que se dependesse apenas da movimentação financeira dentro dos limites geográficos do município (descontando a movimentação "de fora") a cidade ainda seria tão economicamente relevante

Ou seja, Osasco deve ser punida por ser sede dessas indústrias? O Walmart continua pagando os impostos estaduais em suas filiais, sob todo produto que vende, a terra que ocupa, etc.

Com a centralização econômica e industrial ocorrida em SP é impossível ocorrer um cenário em que SP recebe 100% do que "produz" como reinvestimento sem quebrar o resto do país, o que consequentemente quebraria SP em seguida

Por favor, explique como SP quebraria o país produzindo demais, e, principalmente, como SP quebraria tendo recursos demais para si.

e principalmente, existe uma centralização econômica e industrial em SP hoje que tornam impossível ter uma distribuição uniforme se a gente tratar cada estado e município sem se colocar um contexto

Distribuição uniforme de quê? De recursos? Você não concorda que estados e municípios conseguem aplicar os seus recursos localmente de maneira mais eficiente? Se a distribuição fosse isonômica em limites geográficos diferente (como campo-cidade) não teríamos o êxodo rural, assim como se não houvesse concentração de recursos em SP não haveria uma migração tão grande para a região como a que houve.